Oprócz głównego i jedynego wnętrza z ołtarzem w części centralnej pod podłogą mieści się wielki stos ludzkich szczątków, który w przeszłości wypełniał całe dolne pomieszczenie. Po przeszło 200-latach kości, które samoczynnie się ścierają i zamieniają w proch, znacznie zmniejszyły swoją objętość. Nie są już w zasięgu ręki, trzeba użyć drabinki, by sięgnąć ich poziomu z góry. Przez kilka chwil mogliśmy jedynie spojrzeć w dół krypty. Usypane przypadkowo kości zmieszały się ze sobą. Po śmierci rozdzielone zostały szczątki należące do jednej rodziny a połączone mogły zostać szczątki wrogów, ofiar i oprawców. Każda kość, czaszka w tej kaplicy ma własną historię, ponieważ wszystko jest autentyczne.
Tysiące nieodkrytych tajemnic i ludzkich cierpień nie do poznania i zgłębienia stało się budulcem zbiorowego grobowca. Raz w roku w nocy z 14 na 15 sierpnia odprawiana jest Msza św. za zmarłych, których szczątki znajdują się w Kaplicy Czaszek. Ołtarz usytuowany na wprost drzwi wejściowych zdobi duży krzyż z wizerunkiem Jezusa na tle oświetlonej wnęki okiennej.
W zwykłe dni na ołtarzu eksponowane są czaszki grabarza Langera, sołtysa Czermnej ze śladami kul Martinca (został rozstrzelany przez Prusaków) i jego żony pchniętej ostrym narzędziem podczas próby zasłonięcia męża własnym ciałem. To jedyne szczątki, za którymi kryje się ich własna historia. Na ołtarzu w celach naukowych, pokazowych znajduje się czaszka Tatara (wyróżniająca się kształtem), czaszka ze zmianami chorobowymi oraz kość udowa należąca do człowieka mającego około 2 metry wzrostu, najprawdopodobniej Szweda, źle zrośnięta kość kończyny. Na podstawie tych szczątków możemy snuć tylko teorie i kierować się domysłami. Nie są przypisane do konkretnego imienia i nazwiska a nawet narodowości.
